生物制藥車間工藝流程選擇時，首先要保證藥品的質量要求，在滿足藥品質量的前提下，盡可能簡化流程、縮短生產周期，凈化工藝流程的選擇還應充分體現技術上的先進性和可靠性，同時也要注意吸取業主或其他工廠在生產中積累的豐富經驗;選擇流程時應從生產規模、生產方法、建設資金等諸方面出發，盡可能采用國際或國內先進的符合棗莊GMP要求的生產設備，降低勞動強度，如有條件，盡可能考慮自動化、聯動一體化設備，暫無條件時可以考慮今后技術改進和發展的可能性。投資、規模和技術裝備水平也會影響流程的選擇，投資較大的項目，盡可能采用自動化、聯動一體化的工藝技術和大型、高效、可靠的設備，對于投資小、生產規模較小的項目，應注意因地制宜，適當地照顧到機械化程度和工藝的技術先進性，并為今后發展留有余地。
生物制藥車間同一藥物可以制成不同的劑型，并可呈現不同的治療作用，顯然由于制藥劑型不同，質量要求不同，其生產工藝會有較大的差異，因此必須根據產品劑型和質量要求確定生產工藝流程。藥品包裝材料不同，對包裝材料的處理方法和要求不同，其生產工藝也不相同，如塑料瓶包裝的大容量注射劑、軟袋包裝的大容量注射劑和玻璃瓶包裝的大容量注射劑，雖然其臨床應用基本相同，但其生產工藝卻完全不同;有些原料可以依據原料的不同采取不同生產方法制備，其工藝流程會有很大的差別;生物制藥車間依據原料的組成和性質確定原料加工處理的方法，如根據進料水含鹽量的差異，可以采用離子交換法、電滲析+離子交換、反滲析+混床等工藝制備純化水，對于質量較好的原材料，可采用稀配法，即將原料加入到全部溶劑中，配成所需濃度;生物制藥車間必須根據產品工藝規程，規定的生產方法確定工藝流程，產品生產工藝規程一旦獲得批準，通常不能隨便更改，如果需要更改，必須經過相關管理部門重新審批。中凈環球凈化可提供生物制藥車間的棗莊咨詢、規劃、設計、施工裝修等配套服務。
工藝流程圖由物料流程、圖例和必要的文字說明組成，主要內容包括將設備外輪廓以一定比例畫出，并標明設備位號;畫出設備的物料及水、汽、壓縮空氣、真空、冷凍等管線和流動方向;畫出重要的控制點;畫出設備和管道上的主要閥門及管路附件;必要的文字說明，如廢水、廢氣及半成品、副產品的去向。生物制藥車間管道及儀表流程圖上的自控儀表的控制點，應由工藝專業和自控專業的設計人員協同確定，并由自控專業設計人員協同繪制。
